Parfois, l'infection de la pulpe dentaire peut avoir une répercussion au delà du bout de la racine (l'apex), dans l'os. Il s'agit d'une infection péri-apicale. Si cette infection est de nature chronique, on assiste à la formation d'un granulome ou kyste dentaire. Dans certains cas, le traitement endodontique doit s'accompagner du curetage du granulome afin d'assainir complètement la région.